Kurti u arrestua më 27 prill 1999 në Prishtinë. Deri më 2 maj 1999 është mbajtur në burgun e Prishtinës. Prej 2 maj deri më 10 qershor në burgun e Lipjanit. Prej 10 qershorit deri më 13 dhjetor 1999 në burgun e Pozharevcit. Prej 13 dhjetorit deri më 13 mars 2000, në burgun e Nishit.
Procesi gjyqësor ndaj Kurtit ka filluar më 9 mars 2000, ndërkaq më 13 mars është shqiptuar dënimi prej 15 vjetësh nën akuzën “cenimi i integritetit territorial dhe sovranitetit të Jugosllavisë”, sipas nenit 116.
Sërish, prej 14 mars 2000 deri në nëntor, ka qenë në burgun e Pozharevcit. Intervista e dhënë në burg është më 22 prill 2000.
Prej nëntorit 2000 deri më 3 dhjetor 2001 ka qenë në burgun e Quprisë, ndërkaq prej 3 dhjetor 2001 deri më 7 dhjetor, sërish në burgun e Nishit.
Përveç burgut në Serbi, Kurti është arrestuar disa herë edhe në Kosovë.